公司以遗失名义扣款不合法。公司扣员工款项需有明确依据，若公司无充分证据证明员工造成实际损失且扣款数额合理，则属违法行为，侵犯了劳动者权益。遇此情况，员工可向当地劳动监察部门投诉举报，维护自身合法权益。
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